Badanie kolonoskopii polega na wprowadzeniu doodbytniczo wziernika wyposażonego w rejestrator. Za pomocą kamery obraz zostaje zapisany i na bieżąco można obserwować go na monitorze. Dzięki zastosowaniu odpowiednich końcówek wziernika możliwe jest także pobieranie wycinków śluzówki jelita i prowadzenie dalszych badań w warunkach laboratoryjnych. Niezwykle istotnym elementem jest odpowiednie przygotowanie się do badania, które należy rozpocząć już kilka dni wcześniej. Jego dokładny przebieg należy omówić z lekarzem odpowiednio wcześniej. Ponieważ kolonoskopia to badanie inwazyjne, pacjentom często proponuje się przeprowadzenie go w nieczuleniu ogólnym czyli narkozie. Kolonoskopia w znieczuleniu ogólnym polega na podaniu pacjentowi przez lekarza anestezjologa preparatu znieczulającego. Jest on aplikowany dożylnie i jego ilość wpływa na czas snu pacjenta. Dzięki temu rozwiązaniu pacjent nie odczuwa bólu, ani żadnego dyskomfortu związanego z przeprowadzaniem badania. Mimo wszystko jednak kilka godzin po badaniu pacjent może mieć zaburzenia percepcji. Bardzo ważne jest zapewnienie sobie opieki na czas kilku a nawet kilkunastu godzin po badaniu. Istotna jest także rezygnacja z prowadzenia wszelkiego rodzaju pojazdów. Po zakończeniu badania ważne jest zachowanie odpowiedniej diety lekkostrawnej.